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醫療憑證係行政院衛生署「網路健康服務推動計畫」之子計畫之一，為了配合行政院「挑戰2008-國家發展重點計畫」，規劃以公開金鑰(Public
Key Infrastructure, PKI)為基礎建設，設置及營運「醫療憑證管理中心」(Healthcare
Certification Authority, HCA)，於92年6月正式對外提供醫療電子認證服務及電子簽章機制，並在醫療體系內形成安全可信賴的醫療資訊交換環境。
84年「電腦個人資料保護法」通過，91年11月「電子簽章法」通過，93年3月公佈「醫療機構實施電子病歷作業要點」，其第三條明文規定電子病歷之製作方式為「應經由行政院衛生署醫療憑證管理中心簽發憑證之醫事人員卡或醫事機構卡製作」，以及93年4月醫療法新修訂「醫療機構以電子文件方式製作及貯存之病歷，得免另以書面方式製作」。行政院衛生署於94年11月24日公告「醫療機構電子病歷製作及管理辦法」，該辦法第五條規定「電子病歷之簽章，應憑中央主管機關核發之醫事憑證為之，並經中央主管機關加註時戳」。因醫療資訊多涉及個人隱私、個人生命安全，考量採醫事憑證、電子簽章及時戳等方式，這些條文的修訂通過，成就醫療資訊電子文件化的環境，資訊、資料電子化已是當前的潮流趨勢，未來醫療機構勢必漸漸朝向無紙化、無片化的電子文件方式發展，因此，醫院如何配合法規政策提昇醫事憑證之整合應用，乃是目前所需面臨的重要課題。
目前醫療照護領域的發展，正朝向由一個急性照護為導向的系統，進入一個強調初級照護整體而有規畫的醫療照護網，以統合臨床各專業，共同對病患提供完整且經協調的持續性服務，如「社區醫療群」、「家庭醫師整合性照護制度」等。而於94年7月15日實施之部分負擔新制，鼓勵分級轉診轉檢，更將加速醫院與診所間之垂直合作。
行政院衛生署「醫療憑證管理中心」已於92年6月正式設置並啟動，運用醫事憑證機制，除可運用在水平層級醫療院所間的醫療資訊傳遞交換，如醫院與醫院之醫療影像瀏覽查詢，亦可運用在垂直層級醫療院所間的醫療資訊瀏覽查詢，如醫院開放檢驗檢查報告與放射影像讓合作診所查詢，這樣不但可以增加醫療照護網的診療效率，也可避免不必要的重複檢驗檢查，進而減少醫療資源的浪費。
行政院衛生署有鑑於將資訊科技應用於醫療產業將是未來醫院管理必然的趨勢，經公開徵選企劃案後，特委由台灣醫院協會承辦94年度醫事憑證應用推廣計畫，計畫期程為94年6月20日至94年12月31日。為順利引導及輔助醫療院所相關醫事憑證應用，並且對醫事憑證有更深層的瞭解，台灣醫院協會已於94年7、10、11月在全國北、中、南、東四區辦理「社區醫療資訊平台之建立及醫事憑證之應用研討會」第一梯次（四場次）、「社區醫療資訊平台之建立及醫事憑證之應用研討會」（七場次）、「社區醫療資訊平台之建立及醫事憑證之應用研討會」第二梯次（四場次）、「醫療院所醫事憑證-放射影像資料交換運用研討會」（二場次），透過課程講授及面對面的溝通，宣導正確的使用觀念與應用實務，強化醫事機構與人員對於醫事憑證的瞭解，並期望將醫療資訊系統導入醫事憑證應用之實施經驗傳達至各醫事服務機構。
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